Herbinio skydo mėlyname lauke vaizduojama sidabrinė giliai banguojanti juostelė ir trys auksinės septyniakampės žvaigždės, viena virš juostelės, dvi – po ja.
Skydo lauko mėlyna spalva simbolizuoja ne tik švarią ir gražią gamtą, bet ir išmintį. Sidabrinė banguota juostelė vaizduoja pro Mickūnus tekančią vingiuotą Vilnią (sidabrinė – vandens spalva). Iš dalies juosta primena Mickūnų vardo pirmąją raidę. Trys auksinės žvaigždės – kadaise gyvenę trys žymūs Vilniaus universiteto auklėtinai, to meto šviesuoliai, daug nusipelnę krašto mokslui, medicinai, šveitimui ir literatūrai.
Mickūnų herbo etaloną sukūrė dailininkas Arvydas Každailis.
Patvirtintas 2013 m. rugsėjo 13 d. Lietuvos Respublikos Prezidento dekretu Nr. 1K-1561